首先，处于商圈的自营O2O便利店，除了和传统便利店一样需要面对昂贵且逐年上涨的店铺租金、水电等成本之外，还需要投入更多人力和成本。一方面便利店若要吸引用户使用线上购物，售价往往要比实体店低，如此一来利润本就不高的便利店收入更捉襟见肘，若投入和收支不能正比也难以持续；另一方面，高成本导致O2O便利店相比传统便利店更不容易扩大门店数量。
其次，处于商圈虽然流量大，但消费者进店消费的时间都集中在白天，即使增加了线上门店，服务范围依然受限。
以发到家、苏宁小店为代表的社区O2O便利店
随着社区商业经济的兴起，社区O2O便利店也成了一大热门。与全时等服务商圈的O2O便利店不同的是，门店集中在住宅区周遭的社区O2O便利店线上线下服务分开，并以线下实体店为核心，主打1小时送货上门服务。相比商圈O2O便利店，社区O2O便利店距离消费者更近，且能延伸向三四线城市。此类型以苏宁旗下的苏宁小店和泰润集团旗下的发到家为代表。
苏宁小店APP仅提供水果预订以及大件商品的销售，凭借自有平台苏宁易购、苏宁超市采购渠道的便利，在快消品的采购上有一定价格优势，此外还通过和易果生鲜合作的方式解决鲜果采购问题；发到家则借了商超大润发的便利，线上提供飞牛网购买入口，线上兜售超市同类鲜果，让用户不用去超市就可以在家门口购买到同样价格的鲜果商品，对于住宅区距离超市较远的居民来说方便不少。此外，个别O2O便利店还会提供代缴费以及代收快递服务，受到了不少工作繁忙的居民的欢迎。社区便利店看似便利，实则有许多不便利之处。
其一，社区O2O便利店主要消费者其实是上了年纪的老人，一来这部分人群对智能设备的接受程度低，二来老人更倾向于去菜市场购买蔬果，甚至会为了更低廉的价格跑更远的菜市场。对于习惯线上消费的年轻消费者老说，相对于O2O便利店，他们还有更多选择。社区O2O便利店最终也只能在急需时使用。
其二，与传统便利店一样，在代收快递上此类型便利店也有难题需要面对。现在大部分小区都置备了速递易、收件宝等代收快递柜。一方面相比绕路到小区外的便利店，显然前者更方便；另一方面便利店若建在小区中，服务范围将受限于一个小区，也无法利用这点吸引更多客户。其次，小区快递量非常大，便利店代收快递包裹不仅占地，也消耗人力，工作人员恐怕管事处理快递包裹就无暇顾及本职工作。最后，代收快递能产生的利润非常低，据公开数据显示，便利店代收一份快递包裹的利润还不到一块钱，吃力不讨好。为此，曾提供代收快递服务的便利店最后都选择了停止或限收快递。
