深究阿里健康的亏损原因，主要有两点：
其一，战略收购支出以及运营花销过大。据阿里健康财报披露，2014年至2018年期间，阿里健康投资（收购）累计金额达到约46亿元人民币。同时，在今年上半年内，其销售及市场推广开支为3.33亿元，同比增长52.85%。行政开支及产品研发开支分别增长了18.11%及22.96%。各类支出大幅攀升之下，使得“造血”能力偏低的阿里健康没能及时填补支出的漏洞，入不敷出造成的结果也就不难理解。
其二，创新型业务的盈利模式仍处于探索阶段。医药电商作为阿里健康的营收主力军，在2017年才首现在公司的财报当中，盈利的时间相对较短，还未形成长期稳定的盈利模式，而另一边的创新型业务仍在探索阶段。
为抢占市场，阿里健康在前期大量的资金输出，可何时才能结束这场疯狂的“烧钱”游戏却是个未知数。
医药电商业务危机显现
依托阿里的电商“基因”，阿里健康的医药电商零售业务呈现出良好的发展态势，且成为了阿里健康的基本盘。
阿里健康2019年中期财务报表显示，包含医药电商平台、医药自营以及追溯业务在内的医药电商业务共占据阿里健康总收入97.01%的比例，累计贡献了39.94亿元的营收。其中，阿里健康所运营的天猫医药电商平台所产生的商品交易总额（GMV）超过人民币 370亿元，线上平台的年度活跃用户累计达到1.97亿人。
不过，医药电商这个营收基本盘并非安若泰山，在网络卖药受限以及不断涌入竞争对手的威胁下，其潜在的危机也逐步暴露了出来。
阿里健康难过政策关，尤其是处方药品的售卖，而这也是医药电商平台们不易翻越的一道坎。12月1日新施行的《药品管理法》规定“药品上市许可持有人、药品经营企业通过网络销售药品，应当遵守本法有关药品经营的规定。疫苗、血液制品、麻醉药品、精神药品、医疗用毒性药品、放射性药品等国家实行特殊管理的药品不得在网络上销售”。
虽然，文件未明确禁止“互联网医院+处方药”的医药电商模式，但由于处方药的特殊性，国内医院仍是我国处方药销售市场的主要渠道，况且，医疗用品关乎人的生命健康，医院药房的质量保障性更高，推行网售处方药的动力明显不足。
