但是，随着微信平台对微信小程序的开发和广泛应用，微店又开始相形见绌。
一方面，复杂的操作影响用户体验。在微商迭代之后，公众号已经成为微店在微信上生存的主要方式。微信用户需要通过关注，并进入公众号之后才能寻找进入微店商城；并且在用户界面上并没有创新和便捷之处，对于微信小程序店而言，微店只能关联在个人名片上，且需要关注之后才能进行私信的操作模式，成为不少微信用户的吐槽点。
另一方面，微信引流不均造成微店推广受限。在推广方式上，微店多以公众号的形式在微信上生存，更类似于第三方插件，因此推广受众用户具有一定局限性；而小程序则是微信亲生儿子，其管理和运维团队均以微信小程序开发团队为主，从77秒微商小程序崛起并迅速抢占市场以及各类小程序游戏的高频次使用足以看出，在用户流量分流上，微信获得的流量红利更倾向于小程序。两者在流量引入上的差异让B端微商试图通过微信引流的美梦破碎。
因此在传统微店模式困局难解之际，小程序悄然崛起，让诸多微商迎来了希望，微店纷纷开始转身投向微信小程序的研发，形成能满足微信用户“无需关注下载，用完即走”的小程序微店。
然而，微店推出小程序虽然解决了此前的困局，但从目前的市场上看，小程序微店并不能像小程序游戏和附近商家一样为微店商户带来很好的市场影响力，其市场价值可以说是微乎甚微，究其原因主要有三点。
其一，微店在微信入口上的流量红利已经消退。中国产业信息网数据显示，2012-16年，微信用户在以每年 1.5 亿以上、每个季度环比 4000 万以上的速度增长；2017 年第二季度，这个势头结束了，微信用户环比仅增长 2700 万，手机QQ 用户还出现了环比下滑。微信用户增长率下滑，微信用户总量也将逐渐趋于饱和，微商商家眼中的微信用户流量红利也在被不断消耗。
其二，问题商家给微店市场带来的负面影响。随着市场不断增容，入局微店的商家也不断增加，商家和商品良莠不齐，侵权、问题商品严重影响微店平台。2017年8月，云集微店因涉嫌传销而被微信关闭了其公众号，而在2018年初，云集官方小程序“全球精品分享”又因涉嫌违反相关法律法规而被微信关停，日前在小程序中搜索“云集微店”和“全球精品分享”均显示未搜索到相关小程序。不良微店已经成为微信用户对微店的第一印象，在近几年的发展中，微店在微信上的推送信息也让微信用户出现抵制心理。
其三，小程序用完即走的概念与微店营销模式相悖。在小程序使用上，用户无需下载关注，用完即走，但是对于微店商家而言，商家是希望通过推广宣传平台上的商品，进而培育更多粘性用户。但是通过小程序推广时，用户用完即走的理念无法为微店培养更多粘性用户。
