问题二，手机自带应用商城入局带来的威胁。在应用市场上，合并后的百度手机助手除了受到其他巨头在第三方应用商城的竞争之外，还面临以华为、小米等为代表的国内手机品牌自带商城的冲击。易观发布的《中国应用商店市场份额监测报告2017年第2季度》数据显示，在2017年第二季度应用商城活跃前十的榜单中，手机终端厂商应用商城占比为60%。同时软件开发者为了在软件市场上拥有更好的容错率，在开发软件过程中会将软件分为IOS系统和安卓系统，来满足拥有不同终端系统的用户需求，而这一举措也将91助手的跨终端优势进行弱化，甚至在软件应用市场上已经不存在任何优势。
问题三，恶意软件增多。在竞争趋于白热化的应用商城市场上，百度助手为了增加其在市场上的竞争优势，势必会对B端市场进行扩张，引入更多的软件开发商来吸引用户。但2017年11月工信部公布的问题APP名单中，百度手机助手赫然在列，好的软件入驻确实能为应用平台带来不少用户，增强平台的市场竞争力，但问题APP的出现会导致91助手和百度手机助手两个平台之前在客户资源积累上的努力功亏一篑。
在91助手与百度手机助手还未合并之前，91助手还曾作为专治无赖、“牛皮癣”软件的平台而获得广大用户的称赞，但在整合发展之后不仅大不如前，还落得“恶意APP”之名，这让不少看客对当年百度以19亿美元的高价收购91助手之举表示质疑。
移花接木之后，91助手反哺百度诸多应用
百度手机助手在合并91助手之后，在应用商城市场上所表现出来的疲态确实不尽人意。但要说在将91助手合并之后并没有为百度带来效果，就显得过于武断了。将91助手业务进行整合之后，百度手机助手在软件下载领域的格局也在发生变化。
一方面是百度手机助手与91助手合并之后，用户使用频次大幅度增长。易观数据显示，2015年下半年，中国应用商店市场月平均启动次数排行榜上，百度手机助手以14.39亿次排行榜首，百度系的两款应用商城每月平均启动次数，比启动次数为5.06亿次、排名第二的腾讯应用宝高出约12余亿次。
另一方面是在市场规模上，与91助手的合并增加了百度手机助手的市场用户量。91助手在对手机用户和平板用户上深入触达的优势恰好弥补了百度在移动终端市场上的不足，百度手机助手的用户数量得以扩充。易观数据显示，2017年百度手机助手以约1.15亿活跃用户数量位居应用分发领域第二名，仅次于腾讯的应用宝。此外，利用91助手在应用分发领域上的优势，百度能够更加直接地了解第三方应用商城下载用户的用户习惯和数据，刻画完整的用户画像，并利用这些优势更好地反哺百度旗下的手机百度、百度地图、百度贴吧甚至爱奇艺等各类移动应用产品。
